Sekolah Menengah Atas (SMA) Regina Pacis Bogor didirikan berbeda tahun dengan TK – SMP yakni pada tahun 1955. Pada saat berdiri dan mulai dibuka untuk umum, SMA Regina Pacis hanya menerima murid perempuan saja. Hingga akhirnya pada tahun 1962, SMA Regina Pacis mulai membuka pendaftaran untuk murid laki-laki. Karena saat berdirinya, SMA Belum memiliki gedung sendiri, SMA masih bergabung dengan SMP dan jam masuknya setelah siswa SMP selesai jam sekolah.

Tahun 1988, Gedung SMA mulai dibangun dan didesain dengan mengikuti pesatnya perkembangan pendidikan. Pembangunan gedung SMA selesai pada tahun 1989 dan sejak saat itu SMA memulai kegiatan belajarnya dengan tidak bergabung dengan SMP. Kepala sekolah pertama SMA adalah Sr. Berenice, FMM yang berasal dari Amerika Serikat.

Setelah itu, ada beberapa suster dan orang awam yang turut andil menjadi kepala sekolah di SMA Regina Pacis, diantaranya :

  1. Sr. Berenice Moreau, FMM
  2. Rm. Rd. M. S. Tjipto Kusumo
  3. Ir. AJ. Rajino
  4. JB. Murwanto
  5. Suherlan
  6. Sr. Fransissca Wibowo, FMM
  7. Sr. Elizabeth Tjahjana, FMM
  8. A. Y. Soekarno
  9. C. Dwi Sunu Subroto
  10. B. Arisekundiatmi
  11. Sr. Emiliana Suradjinah, FMM
  12. C. Retno Widayanti