Sekolah Menengah Pertama (SMP) Regina Pacis Bogor berdiri pada tahun 1948 yang didirikan oleh Sr. Goede Herder bersama dengan mendirikan TK dan SD. Sejak tahun 1948 sampai 1957 SMP Regina Pacis masih menjadi bagian dari sekolah Budi Mulia yang hanya menerima murid perempuan. Sejak tahun 1958, SMP Regina Pacis mulai berdiri sendiri dan mulai menerima murid laki-laki. Pada tahun 2003, gedung SMP yang baru mulai dibangun dan diresmikan pada Mei 2004 oleh Uskup Bogor dan Walikota Bogor. Bangunan SMP masih mempertahankan bentuk bangunan lama dan saat ini merupakan salah satu bangunan cagar budaya di Kota Bogor.

Pemimpin pertama SMP Regina Pacis adalah Sr. Golindes, FMM. Beberapa suster juga pernah ambil bagian dalam mengembangkan SMP Regina Pacis yakni : Sr. Marie Yose, FMM dan Sr. Vincent, FMM. Sejak tahun 1990-an ada beberapa orang awam yang juga dilibatkan dalam pengembangan SMP.

Hingga saat ini tercatat ada 7 orang kepala sekolah yang berasal dari kaum awam yakni :

  1. Amir Sucipto
  2. Selma Oey
  3.  Sutardjo
  4.  Susanna
  5. B. Arisekundiatmi
  6. C. Retno Widayanti
  7. A. Atik Susilawati